Amy Lee rencontre le guitariste Ben Moody en colonie de vacances en 1994. Celui-ci, envoûté par la voix et le talent de pianiste de la jeune fille, lui propose de former un groupe : Evanescence est né.
Amy Lee fut également la petite amie de Shaun Morgan, le chanteur du groupe Seether. Ils ont notamment chanté ensemble la chanson Broken. Amy a vécu avec lui une rupture très difficile, car Shaun était alcoolique. La chanson Call Me When You're Soberparle d'ailleurs de leur relation.
En 2007, elle chante la chanson Freak on a Leash avec le groupe KoЯn sur l'album live acoustique Unplugged. Elle avait repris la chanson de Korn Thoughtless sur leur album live Anywhere But Home.
Elle donne des informations sur le départ de John et Rocky sur le forum du site officiel du groupe.
Le 13 octobre 2008, elle interpréta en live au Tonight Show en compagnie de Tim McCord (guitariste d'Evanescence) une nouvelle version de la chanson Sally's Song (disponible dans l'album Nightmare Revisited).
En 2009, Amy figure sur le remake de Walt Disney des Muppets Revisited avec la chanson Halfway down the stairs de Kermit la grenouille ; cet album aurait dû sortir le 16 février 2010. Cependant Walt Disney effectue une nouvelle version du film qui est prévue pour le 25 décembre 2011.Il y a donc encore un espoir pour entendre un jour cette version.